O php.ini é um ficheiro que permite alterar algumas configurações da página. Existem configurações que só são válidas em determinadas versões de PHP e outras configurações que dependem da configuração geral do servidor, ou no casos do Cloudlinux, da configuração existente.
Habitualmente é possível alterar o tamanho máximo de ficheiros a serem carregados e outros parâmetros mas o tempo máximo de processamente e valores muito elevados de memória costumam ser bloqueados em ambientes partilhados.
A configuração do php.ini por vezes afecta a directoria onde está colocado pelo que por vezes é preciso fazer cópias deste ficheiro ou ver a directoria onde é preciso estar instalado.

Os ficheiros têm 3 níveis de permissões: utilizado, grupo e mundo.
Dentro de cada uma destas pode ter direitos de leitura(4), escrita(2) e execução(1).
Estas permissões são guardadas em termos binários ou seja 100, 010 e 001.
As permissões habituais são 644 (leitura e escrita pelo próprio e só leitura pelo grupo e por todos) para ficheiros e 755 para directorias.
Alterar estas permissões pode deixar o site inoperacional ou inseguro.
Da linha de comando o comando que permite mudar as permissões é o CHMOD.
A maior parte das pessoas irá mudá-los através dos programas de gestão de ficheiros ou de FTP.